STN regroupe les banques de données permettant des recherches sur les structures de Markush

François Libmann
Bases no
334
publié en
2016.02
857
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chimie | serveur de bases de données
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STN annonce avoir - enfin - réussi à regrouper les bases de données de chimie proposant des recherches sur les structures de Markush.

Créées par le Dr Eugène A. Markush, un hongrois né au 19ème siècle, les structures de Markush sont une façon de décrire les molécules chimiques en regroupant dans certains symboles un ensemble d’éléments similaires ce qui simplifie grandement l’écriture de ces structures quand elles sont complexes.

Dans le domaine des brevets, les structures de Markush permettent de protéger une famille de composants analogues avec une seule revendication.

Ces brevets peuvent être considérés comme ne respectant pas la nécessité que la description complète de l’invention et de la manière de la reproduire soit incluse dans le brevet. Mais finalement les offices de brevet les ont acceptés compte-tenu des très importantes baisses de coûts qu’ils engendrent pour la recherche dans les industries chimiques et pharmaceutiques.

Ces structures sont très utilisées puisque, selon Joseph J. Mallon (en 2014), un consultant en brevets américain, un brevet sur huit contient des revendications s’appuyant sur des structures de Markush.

Deux banques de données permettent de rechercher sur ces structures.

La première, CAS Markush database (MARPAT) est disponible depuis longtemps sur STN.

La deuxième, MMS (Merged Markush Service) produite par Thomson Reuters inclut aussi la banque de données PHARM (précédemment PHARMSEARCH) de l’INPI qui couvre la période 1961-1998. Cette banque de données est depuis longtemps disponible sur Questel, avec un contrat classique Questel (différent donc de celui d’Orbit).

Dans le « new STN » (la nouvelle plateforme de STN qui coexiste pour le moment avec la plateforme classique), DWPIM (Derwent Markush Resource) intègre les éléments de MMS avec DWPI, ce qui permet d’inclure 1,9 million de structures de Markush issues de 780 000 documents de DWPI.

MARPAT et DWPIM pourront donc être recherchées ensemble avec les mêmes commandes.

Si cette réunion représente un pas important, il faut néanmoins bien préciser que la couverture, si elle est la plus large disponible aujourd’hui, n’est exhaustive ni en termes de dates, ni en termes de couverture (33 pays, mais US EP et WO depuis 1978 pour DWPIM, 63 offices de brevet pour MARPAT comme d’ailleurs pour CAplus).

Parlant des structures de Markush, on n’oubliera pas de citer la société hongroise ChemAxon qui a une longue expérience de la chimie informatique en général et des structures de Markush en particulier.

Il y a bien eu un projet de collaboration avec Thomson Reuters pour rendre MMS accessible via l’interface JChem de ChemAxon, mais il a été abandonné en 2014.

Si aujourd’hui ChemAxon n’offre pas d’accès à DWPIM et MARPAT, il offre par contre à des entreprises et des laboratoires un grand nombre d’outils pour travailler sur des structures de Markush ou en créer.

La différence entre STN et ChemAxon est que STN est plutôt destiné à des spécialistes des brevets qui n’ont pas besoin de décharger et d’analyser des structures ou de les comparer avec d’autres. ChemAxon, pour sa part, propose une grande variété d’outils pour les chercheurs qui veulent manipuler les structures.