La sélection des sources institutionnelles, universitaires et professionnelles par des documentalistes apporte une première garantie sur la qualité du contenu du catalogue. Pour les informations « sensibles », c’est-à-dire impliquant une décision médicale, l’indication du niveau de preuve est une garantie supplémentaire.
Pour interroger ce catalogue, le CHU de Rouen a créé Doc’CISMeF, un moteur de recherche développé en interne permettant de réaliser des recherches plus étendues et plus performantes.
CISMeF utilise deux outils standards pour organiser l’information : le thesaurus MeSH (Medical Subject Headings) utilisé notamment pour la base de données bibliographique Medline/PubMed et le format de métadonnées du Dublin Core. Chaque ressource indexée comprend une notice descriptive.
Ce site recense exclusivement des ressources en français, mais pas nécessairement d’origine française. Ainsi, les sites français en langue anglaise ne sont pas pris en compte. D’autre part, les sites commerciaux ne sont plus pris en compte depuis l’an 2000.
La prise en compte de nouveaux sites se fait en trois étapes :
- recensement des ressources par une veille très large ;
- filtrage et sélection ;
- description et indexation.
Une centaine de ressources sont ajoutées chaque semaine.
Sont indexés en priorité les sites des institutions et des sociétés savantes ainsi que la documentation en émanant : recommandations pour de bonnes pratiques cliniques, conférences de consensus, matériels d’enseignement, et rapports. Les ressources concernant l’enseignement ainsi que les informations à destination des patients font également partie des axes prioritaires.
Le catalogue comprend des rapports et brochures grand public émanant d’institutions ou d’associations professionnelles, des cours et des thèses provenant de structures universitaires, d’articles gratuits (orientés soins) issus de périodiques et d’associations de patients.
On n’y trouve pas de sites de l’industrie pharmaceutique ni d’articles issus de Wikipedia et autres sites personnels, pas plus que de sites payants ou de brochures non écrites par des professionnels.
La recherche dans DOC’CISMeF
CISMeF propose l’accès à plus de 122 700 sites et documents présents sur Internet. On peut accéder au moteur de recherche Doc’CISMeF depuis la page www.chu-rouen.fr/cismef ou directement https://doccismef.chu-rouen.fr/.
Après une première recherche, on peut affiner les résultats avec des facettes situées à gauche de l’écran (année, type de ressource, indexation, éditeur). Un formulaire de recherche avancée permet de spécifier les champs d’information interrogés et de croiser les critères à l’aide d’opérateurs booléens. Un clic sur une réponse donne accès, par un lien, au document sur le site de l’éditeur.
Il existe aussi d’autres instanciations spécialisées de Doc’CISMeF accessibles depuis la page d’accueil du site ou depuis les menus en haut de page. Celles-ci permettent de limiter a priori la recherche à un domaine particulier (pédagogie bonnes pratiques, vulgarisation, thèses, gériatrie, etc.)
Ce site très original et en langue française qui n’a, à notre connaissance pas d’équivalent, pourra être utile à de nombreux publics
LiSSa : le moteur de littérature scientifique en santé
Forte de son expérience dans le domaine des sciences de l’information en santé, l’équipe à l’origine du CISMeF s’est ensuite tournée vers la littérature médicale en français. Celle-ci a tendance à être de moins en moins visible pour différentes raisons, en particulier le basculement vers l’anglais de certaines publications ou encore la non prise en compte dans les banques de données anglo-saxonnes de publications en français.
On a vu cependant récemment (Dialog s'est enfin décidé à évoluer - BASES n° 371, juin 2019) qu’Embase avait créé un fichier spécifique accessible sur Dialog Solutions référençant des publications en français, ce qui montre leur intérêt, mais il faut des poches (très) profondes car il faut souscrire un contrat complémentaire spécifique pour y avoir accès.
Pour remédier à ce manque de visibilité, l’ANR (Agence Nationale de la Recherche) a financé en août 2014 la création de la Banque de Données Bibliographique en français (BDBfr) qui a conduit à la création du site gratuit lissa.fr (Littérature Scientifique en Santé) par plusieurs partenaires se joignant au CHU de Rouen.
On notera qu’au-delà des utilisateurs habituels des banques de données scientifiques, l’un des publics visés par LiSSa est constitué par les médecins des pays francophones dont bon nombre ne sont pas très à l’aise en anglais.
LiSSa compte aujourd’hui près de 1,3 millions de références.
Une partie des informations provient de PubMed dont le nombre de publications d’origine française est en baisse constante. Une autre partie provient de l’éditeur Elsevier Masson qui est le plus grand éditeur de journaux médicaux en français et dont certaines publications ne sont pas référencées dans Medline/PubMed. On les trouvera bien sûr toutes référencées dans LiSSa.
Parmi les autres contributeurs on compte John Libbey Eurotext, Cairn.info, Erudit.org, Editions Universitaires de Cote d’Ivoire, le Collège des généralistes enseignants…
Notons que l’on trouve aussi les références de la partie biomédicale des archives de Pascal et Francis, qui ont été produites entre 1972 et 2015. Il faut souligner que ces références comportent leurs résumés alors que sur le site d’archives ouvertes https://pascal-francis.inist.fr (voir BASES n° 373, septembre 2019) l’INIST les a supprimées frileusement pour éviter tout problème concernant la maîtrise des droits de copie.
Il faut préciser que les sites d’éditeurs sont, en général, en libre accès et que la recherche ainsi que la visualisation des références bibliographiques, souvent avec résumé, sont gratuites. En revanche, la visualisation ou le déchargement du texte complet des articles sont assez souvent payants, sauf publication en open access. Bien entendu, si l’organisme dont dépend le chercheur est abonné à la publication, le déchargement est gratuit pour lui.
On prendra bien garde aussi au fait que LiSSa ne référence que des articles publiés en français, ce qui veut dire concrètement que des articles publiés en anglais par des auteurs français n’y sont pas référencés. On ne peut donc, en aucun cas, considérer que LiSSa permet de faire le tour des publications d’origine française ou francophones, mais c’est un complément utile sinon indispensable des bases de données anglo-saxonnes. De plus LiSSa est facile à manipuler pour des personnes ayant un anglais hésitant.
La recherche d’articles dans LiSSa
On dispose d’une recherche simple et d’une recherche avancée comme dans Doc’CISMeF, puisqu’il s’agit du même logiciel.
Dans la recherche simple, en commençant à entrer les premières lettres d’un terme on se voit proposer un choix de mots clés. Le choix de l’un d’eux lance la recherche.
A gauche de la liste de résultats se trouve des listes de différents critères permettant d’affiner les résultats : type de publication, accès restreint ou non (de l’article lui-même), présence éventuelle d’un résumé dans LiSSa, année de publication, titre de la publication, source (PubMed, Elsevier Masson, etc.) et indexation.
On peut, de la même façon, affiner les résultats d’une recherche avancée.
On dispose également dans la colonne de gauche, de liens vers différents sites dans lesquels la stratégie est automatiquement transférée avec les adaptations/traductions nécessaires. Il s’agit de Doc’CISMef, de PubMed, de Google Scholar, du Portail régional BVS (Bibliothèque virtuelle de santé) qui référence principalement des articles en espagnol ou en portugais et, dans une moindre mesure, en anglais et, enfin du site NCBIGQUERY (National Center for Biotechnology Information) dépendant, comme PubMed de la NLM.
On peut créer des alertes dans LiSSa mais il faut, au préalable, avoir ouvert un compte.
Par ailleurs, les résultats peuvent être exportés vers des logiciels de gestion bibliographique.
Le CHU de Rouen annonce 300 requêtes quotidiennes et 440 utilisateurs.
HeTOP : Terminologies et ontologies de santé
En plus du CISMeF et de LiSSa, le CHU de Rouen propose également un portail baptisé HeTOP (Health Terminology/Ontology Portal) qui inclut les principales terminologies et ontologies de santé.
Il contient plus de 2 millions de concepts disponibles dans plusieurs langues à travers plus de 70 terminologies ou ontologies.
On trouve, par exemple les 3 349 concepts du Dictionnaire des résultats de consultation de la Société française des médecins généralistes (SFMG) ou les 1 274 concepts de l’European multilingual thesaurus on Health Promotion en 11 langues, créé par la Commission Européenne.
En conclusion
Les différents outils documentaires développés par le CHU de Rouen depuis plus de 20 ans représentent une belle réalisation française qui jouit d’ailleurs d’une grande notoriété même si elle peut encore grandir.Les intérêts sont multiples, si l’on en cite quelques-uns, on peut parler de la multiplication des publics auxquels il est destiné, grand public autant que professionnels, un accès très large mais néanmoins sélectif à la littérature médicale publiée en français qu’on est loin de trouver en totalité dans les banques de données anglo-saxonnes et un large recensement de sites français d’intérêt.
On ne peut qu’espérer que le CHU de Rouen et ses partenaires continueront à obtenir des financements pour leur permettre de poursuivre le développement des différentes composantes du site et, ce n’est pas non plus négligeable, contribuer à la défense/promotion de la langue française.